1、封印卷轴：第一集就出现了这个封印着危险忍术的卷轴，既然封印起来就是说越少人练越好，危险嘛…………可是不知怎地，影分身成了头号危险的忍术了，而且还被鸣人等酷爱分身之忍者广泛应用于实践中，看来封印卷轴也是有名无实呀…………
2、不会任何忍术的小李：汗……忍者不会忍术他还好意思说是忍者，虽然是我比较喜欢的一个人物，但是很难想象忍者学院的老师们是怎么容忍他毕业的。担心他的前途……
3、卡卡西给佐助下的“封邪法印”：见到了佐助被大蛇下的印后，卡卡西老师大费周章的给爱徒施了个封邪法印，并且告诉大家佐助已经没事了，但是后来事实证明了它并没有起多大作用，那印依旧是定期的发作，封邪法印除了造型美观点之外基本上就一无视处了.
4、万花筒写轮眼：记得在写轮眼对写轮眼那集里，鼬对卡卡西说：“不错，拥有写轮眼的人是能抵挡一下这个万花筒写轮眼，但是幻术——月读……”，看其口气，明显是说万花筒写轮眼根本就是瞳术的一种，至于后来出现飞镖型写轮眼更高级恐怕就是岸本后来硬逼着鼬开发的了，汗……
5、宇智波一族是最强一族：既然说宇智波一族是最强地，为何一任火影都没在他们家族产生，还一夜之间被一人压倒性的灭门，天才忍者的名号看来也是“见面不如闻名”呀!
6、忍者的级别：从演出开始我就报有疑问，忍者的级别究竟是怎样划分的，如果从战力来分，很难解释身为中忍的水木会被还没毕业的鸣人KO，如果论智谋就更难想象西日红、阿斯玛之流的如何会晋升为上忍了。
7、各国忍者水平良莠不齐：虽说忍者的水平有高有低，但是同为一级别的忍者差距不应该太大，比如再不斩手下的两名中忍——鬼兄弟，居然连身为下忍的佐助都不如，更有甚者音忍的九人追杀部队更是在短短的三十几秒就被阿斯玛给KO了。
8、暗部的实力：由火影大人御笔亲点的直属部队，实力按说应该是超强地，但是除了在前任暗部成员卡卡西、鼬的身上能看到超强本领外，其余的暗部成员的水平实在是不敢恭维!.尤其是中忍选拔赛期间，暗部的哥哥们在村子外一路游走，竟然连身边用占地十几平米布通灵阵的敌人都没发现，看来暗部这头衔也是徒有虚名而已。
9、无敌忍术“尸鬼封尽”：单听名字就够慎人的了，威力自然也是非同小可，直接攻击对方的灵魂而不是肉体，基本上是无敌的了，被此术击中的人或兽灵魂不能转生，（岸本可真够毒的）按理说大蛇丸被封印的手臂也应该从此报废了吧，可是转生后的他双手好象又可以自由活动了耶，那叫一神奇!
10、火影忍者故事的时代背景：同样让人挠头的问题，看故事里人物的装束和建筑好象不是发生在现代，可是又有一些现代化的设施在故事里被应用，比如说大蛇丸别墅里那先进的电脑实验室，船里还有马达，这些东西又把我们的思维拽回了现代，说是现代，可在动画里面漫天飞舞的还是手里剑、苦无等物，连一只枪的影子都没见到，所以要问故事发生在什么时期，恐怕只有岸本才清楚了!